Programma veidota kā konceptuāla virsprogramma plašam pasākumu kompleksam. Programmā izcelti divi savstarpēji saistīti aspekti. Pirmais aspekts ir Latvijas valsts un lībiešu kā tās otrās pamattautas savstarpējās attiecības. Saskaņā ar starptautiskajiem tiesību aktiem tādas senas pamattautas un unikālas minoritātes kā lībieši, viņu valoda un kultūra ir pieskaitītas pie neaizstājamo vērtību kategorijas. Par šo minoritāšu saglabāšanu un attīstību atbildība jāuzņemas tai valstij, kuras teritorijā tās dzīvo. Otrais aspekts ir lībiešu vēsture, valoda un kultūras mantojums kā Latvijas nacionālā kultūras mantojuma būtiska un neatņemama sastāvdaļa. Mērķprogrammas pasākumu kompleksā ietvertas septiņas rīcības programmas: lībiešu kultūrvēsturiskā mantojuma aizsardzība un izmantošana, lībiešu valoda, izglītība, zinātniskā pētniecība, kultūras procesi, sabiedriskās attiecības un „Lībiešu krasts". Katra rīcības programma satur īsu problēmu raksturojumu, nosaka sasniedzamos mērķus, galvenos uzdevumus un izpildītāju atbildību.

MK programmu apstiprina 1999. gada 14. decembrī. 2000. gada 8. septembrī ar MK rīkojumu tiek izveidota programmas vadības padome (vadītāja E. Aldermane; vadības padomes nolikums tiek apstiprināts 2001. gada 18. septembrī), kuras uzdevums ir sagatavot programmas īstenošanas koncepciju, izvērtēt līdzekļu nepieciešamību rīcības plāna īstenošanai, noteikt prioritātes, sagatavot finansējuma aprēķinus un pieprasījumus, ko iesniegt Tieslietu ministrijai tālākai virzībai uz valdību. 2001. gada nogalē vadības padomes konceptuālajā ziņojumā par mērķprogrammas īstenošanas gaitu atzīts, ka tās īstenošana aizkavējusies par 3 gadiem un sniegts risinājums - nodot tās realizāciju vienas ministrijas pārraudzībā, izveidojot mērķprogrammas izpildinstitūciju - valsts aģentūru "Lībiešu institūts". Tomēr sakarā ar ĪUMSILS izveidošanu un saskaņā ar 2002. gada 27. decembra MK noteikumiem "Īpašu uzdevumu ministra sabiedrības integrācijas lietās nolikums" mērķprogrammas izpildes īstenošanu un koordinēšanu pārņem ĪUMSILS.

2003. gada augustā ĪUMSILS sagatavo "Valsts ilgtermiņa mērķprogrammas "Lībieši Latvijā" īstenošanas koncepcijas" projektu, kurā norādīti divi mērķprogrammas institucionālās sistēmas reformas varianti. Atbalstu gūst variants, kurā paredzēts Mazākumtautību lietu departamentā izveidot jaunu nodaļu - Lībiešu lietu nodaļu, kuras galvenie darbības virzieni būs nodrošināt un koordinēt valsts iestāžu un sabiedrisko organizāciju darbību programmas īstenošanā, bet, lai funkcijas nedublētos, "Līvõd rānda" tiek likvidēts. Mazākumtautību lietu departamenta Lībiešu (līvu) lietu nodaļa darbu sāk 2004. gada 7. aprīlī (no 1. jūnija nodaļa atrodas tiešā sekretariāta pārziņā). 2004. gada 27. janvārī MK izdod jaunu „Valsts ilgtermiņa mērķprogrammas „Lībieši Latvijā" vadības padomes nolikumu", saskaņā ar kuru padome ir konsultatīva valsts institūcija, kuras darbības mērķis ir sekmēt mērķprogrammas īstenošanu. Padomes sastāvā tiek iekļauti pārstāvji no valsts un pašvaldību institūcijām, kā arī sabiedriskajām organizācijām. Padomes personālsastāvs tiek apstiprināts 2004. gada 1. novembrī (to vada ĪUMSIL sekretariāta vadītāja Kristīne Vāgnere).